Siya ay natuto ng abakada mula sa kanyang ina at ang pagsulat ay sa kanyang ingkong natutuhan. Nag-aral siya sa mataas na paaralan at nagpatuloy sa Colegio de San Juan de Letran na kung saan natamo ang katibayan sa pagka-Bachiller en Artes at naging propesor sa Latin. Sa Unibersidad ng Santo Tomas naman siya nakapagtapos ng pagkaabogado noong 1894. Samantalang nag-aral ng batas, sumapi siya sa La Liga Filipina ni Jose Rizal.
Si Mabini ay nagkasakit noong 1896 ng paralisis ng bata na lumumpo sa kanya. Ipinasundo siya ni Aguinaldo at sila'y nagkamabutihan. Siya'y lihim na ipinatawag ni Aguinaldo at hinirang siyang opisyal na tagapayo. Nang pasinayaan ni Aguinaldo ang Pamahalaang Republika inatasan niya si Mabini bilang kalihim panglabas at pangulo ng mga konseho. Sa panahong ito isinulat niya ang kanyang tanyag na akdang "Tunay na Dekalogo".
Noong 1899, si Mabini ay nabilanggo sa Nueva Ecija. Kanyang isinulat noon ang "Pagbangon at Pagbagsak ng Himagsikang Filipino", "El Simil de Alejandro", at "El Libra". Noong ika-5 ng Enero, 1901, si Mabini ay ipinatapon sa Guam, ngunit kusa siyang nagbalik sa bansa noong Pebrero, 1903 kapalit ng panunumpa ng katapatan sa Estados Unidos. Siya ay nagkasakit ng kolera at namatay noong ika-13 ng Mayo, 1903 sa Nagtahan, Maynila.